即使经过深层清洁耐药性医院细菌仍然存在

科学家利用基因组测序揭示了一种耐药性胃肠道细菌在医院内的传播程度，突显了医院在控制感染方面面临的挑战。粪肠球菌是常见于胃肠道中的一种细菌，通常存在于其中而不会引起宿主问题。但是，在免疫功能低下的患者中，它可能导致威胁生命的感染。

在过去的三十年中，出现了对包括氨苄青霉素和万古霉素在内的一线抗生素具有耐药性的菌株，限制了治疗选择，尤其令人担忧的是，这些菌株通常是在医院获得的粪肠球菌感染中发现的。

剑桥大学和伦敦卫生与热带医学学院的一组科学家率先采用了一种将流行病学和基因组信息相结合的方法，以绘制细菌在医疗机构中的传播情况。这有助于医院识别感染源并告知感染控制措施。

在发表于《自然微生物学》上的一项研究中，研究小组将该技术应用于耐药性大肠埃希菌在医院中的传播。

剑桥大学医学系的Theodore Gouliouris博士是该研究的第一作者，他说：“二十多年来，我们已经知道医院的患者可以感染并传播耐药的粪肠球菌。它的传播要求我们了解细菌在哪里-它的“水库”-以及如何传播。

“迄今为止，大多数研究都依赖于从样品中培养细菌。但是，正如我们已经表明的那样，全基因组测序-查看细菌的DNA-结合详细的患者和环境采样可以是帮助我们绘制其细菌图的强大工具。传播并提供预防进一步爆发的方法。”

该团队追踪了六个月内入院至剑桥大学医院NHS基金会信托基金Addenbrooke医院的149名血液学患者。他们从患者的粪便样本和医院环境的拭子中取样，并进行粪便大肠杆菌培养。

细菌的基因组分析在鉴定医院获得的粪便中更为有效：在101名可以接受随访的患者中，基因组分析确定三分之二的患者患有粪便，而仅使用培养方法的患者不到一半。

从医院环境中抽取的拭子中近一半(48%)对耐万古霉素的粪肠球菌呈阳性。其中包括36%的医疗设备，76%的非接触区域(如通风孔)，41%的床位和68%的公共浴室。